Trước đây khu vực là nơi chiếm đóng của thực dân châu Âu với nhiều các bức tranh tường còn sót lại. Dọc theo trục đường chính là các thị trấn nhỏ bé mọc lên, là nơi sinh sống của những người dân sống phụ thuộc vào nghề thâm canh nông nghiệp, đánh bắt cá, chăn thả gia súc, khai thác khoáng sản và du lịch.

Ngày 30 tháng 11 năm 1988, chính phủ Mexico tuyên bố thành lập khu dự trữ sinh quyển El Vizcaino nhằm bảo tồn khu cư trú cho các loài động vật có vú, chim biển cùng các di tích lịch sử khảo cổ trong khu vực. Năm 1993, UNESCO công nhận khu bảo tồn là di sản thế giới.